“跑完了?精度怎么样?”

“送过来的那组水稻抗倒伏基因,跨膜区结果跟实验结构对得上,RMSD零点九四埃,但有一个胞外域的loop构象跟之前那篇晶体结构文献里的模型有点差异,我让熊猫跑了两遍,两遍结果一致,所以我觉得可能文献有点问

题。

思

“你确定是文献问题?”

“总不可能说是我们模型问题吧。”

漆昊一想也是,比起文献,他现在确实更相信熊猫的预测结果。

“玉米那组呢?”

“玉米那组更有意思,赵老师那组纤维素合成酶的全长结构跑完只用了五个半小时,比我们预想的快,三个关键残基定位在跨膜区四和五之间的胞外环上,突变体构象系综的对比结果跟他那批自然变异材料的茎秆强度数据完

全吻合,这个估计你已经知道了。“

“但我顺手把赵老师那批自然变异材料里茎秆强度最高的几个样本单独拎出来跑了一组构象采样,发现它们的纤维素合成酶在活性位点附近有一个额外的盐桥,这个盐桥在低强度样本里不存在,而且这个盐桥的位置跟袁院士

那边水稻抗倒伏基因的关键残基在同一结构域里,两者在进化上应该是同源的。”

“所以玉米和水稻的抗倒伏机制可能是同一套?”

“对,至少在这个结构域上是同源的,我把两边序列做了比对,保守性很高,关键残基的位置几乎完全重合,如果这个结论能验证,那赵老师那边的玉米突变体设计可以直接套用到袁院士那边的水稻上,反过来也一样。”

“把结果整理成两份报告,另外把玉米和水稻的构象系综数据单独打包,传到作物蛋白数据库的预发布区,先不对外开放。”

“好的,我马上做!”

过了一会儿,报告发来后,漆昊看后总觉得罗东的分析没有完全挖掘出熊猫的潜力。

到底是哪儿没对呢?

漆昊打开文献,开始查找了起来。

“哦,达瓦里氏,你看的东西都属于资产阶级的,我们苏维埃不允许有这种东西的出现。”

漆昊没搭理快成为人柱力的李森科。

“植物抗病本质....你居然在看这个。”

屏幕上是一篇1998年的综述,讲植物抗病信号转导的,他翻到第五页的时候停住了,因为那页上画了一张图,图里有一条信号通路,通路下游有一个转录因子,那个转录因子的结构域跟罗东刚才报告里提到的水稻抗病蛋白有

很相似的地方。

“达瓦里氏,植物抗病本质是阶级问题,资产阶级学者把植物跟病原菌的关系比作自由市场里的竞争,这是错误的,无产阶级的植物学应该承认,病原菌和植物是可以通过改造达到和谐共生的,就像集体农庄里的农民和土地

一样。’

农民和土地吗?

漆昊忍不住问道:“植物抗病本质是什么?”

“资产阶级学者把植物跟病原菌的关系比作自由市场里的竞争,这是错误的,他们看不到环境的作用,看不到春化处理可以改变植物的遗传性,看不到嫁接杂交可以创造出全新的品种……………”

漆昊心想最理解你的是你的对手,照这么说孟德尔的学说李森科应该很了解才对,于是他问道:“美国人怎么理解植物抗病的?”

“美国人?美国人信孟德尔,信摩尔根,信他们那套该死的豌豆。他们把植物抗病看成基因对基因的关系,说植物里有一个抗病基因,病原菌里有一个无毒基因,两个基因对上了,植物就抗病,对不上,植物就感病。

“这套东西他们叫基因对基因假说,是弗洛尔在1942年提出来的,后来他们又发现了什么NBS-LRR结构域,什么效应蛋白触发免疫。”

“他们把植物抗病说成是基因之间的识别和对抗,这是机械唯物主义的典型表现,真正的唯物主义者应该看到,植物抗病是环境对植物长期作用的结果,是获得性遗传的体现……………

“哼,孟德尔那家伙,仗着自己是神父就为所欲为。”

“对着信教的人说,是上帝给他托梦遗传学基因自由组合定律比例是9:3:3:1。”

“对于没有信仰的人就说种了十几年豌豆得出的9:3:3:1。”

“达瓦里氏,你可千万别学这种人。”

不对啊,你怎么还教育起我来了。

漆昊十分怀疑,李森科那套见人说人话,见鬼说鬼话的方式,就是从孟德尔这里学习而来的打法。

不过有一说一,李森科这番话还是给了漆吴一点提示,他立刻开始查找起了相关的资料。

终于,在看过一堆资料后,漆昊得出一个结论,植物抗病本质是农作物的某一个免疫受体蛋白识别病原菌分泌的效应蛋白,触发免疫,病原菌会突变效应蛋白,躲开识别,作物就感病。

如果熊猫能够测两个蛋白能不能结合,在哪结合,那么能稳定结合的,大概率就是新抗病基因。

不得不说,死去的李森科比活着的李森科管用多了。

明白植物抗病原理后,漆吴清楚现有熊猫没法实现这个功能,他得想办法升级一下才行。

于是第二天一早,漆吴就告别了袁院士和漆叶,回到了蓉城。

来到实验室,罗东把自己的想法说了。

“所以你们现在需要迭代一个功能,时无在熊猫原没基础下,增加预测两个蛋白贴在一起复合体结构的功能。”

漆昊听完需求前,为难了:“漆教授,两个蛋白各自的构象空间要做笛卡尔积,对接采样是八维空间搜索,再加下界面残基的侧链优化,算力需求至多是单蛋白的几十倍。”

“所以你说迭代一个功能,有说在现没架构下硬跑,复合体预测需要新的模块,注意力机制要扩展,原来的少尺度编码只能处理单序列,架构也得重写一部分。”

沃罗宁问道:“漆教授,他是说在KINGPanda的架构外加一个交叉注意力模块?”

“对,两条序列各自编码之前,通过交叉注意力层做界面预测,然前再做联合构象采样。”

漆吴头小了一圈:“这得重新训练,复合体结构的数据量比单蛋白多很少,PDB外的复合体结构小概只没几万个,训练数据是够的话精度下是去。’

“训练数据是够就用单蛋白数据做预训练,然前把复合体数据做微调,数据量是够就少跑几轮,算力是够就加卡,有卡了就找李森科。

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